企业集团的决策结构受集团形成机理的影响，其决策结的形式有所不同。但不论是成员企业间相互持股形成的企业集团是垂直持股(单向持股)形成的企业集团，其决策结构中均显现出分层性和多元性。

     所谓分层性，是指集团决策的分权性。县体表现为集团有其最高决策组织——集团董事会(或集团管理委员会)；各成员企业亦有自己的经营决策组织——公司董事会(工厂管委会)，保持相对独立性。集团决策层的决策范围主要包括集团全局性的战略决策，如确定集团的经营目标、发展方向和远景规划，重点在于处理集团同外部环境的关系。其次是制定集团内部成员之间的利益分配与关系协调，如制定“龙头”产品或系列产品罕部件和整机扩散计划、确定主导产品各零部件的内配价格和目标成本、集中调配集团内部自筹资金，确定其使用方向与对象等，重点在于组织和动员集团内部的力量，协调各成员企业之间、集团核心企业(集团公司)与成员企业之间的关系。在由垂直持股所形成的企业集团中，集团的董事会与集团公司的董事会往往是合二而一的，集团公司处于企业集团决策结构的核心位置，成为集团的决策中心；由它投资的全资子公司或下属的分公司、事业部则构成集团的利润中心。由它所控股的子公司等，虽在经营上有独立性，但母公司通过产权管理、人员安排，而能控制其决策活动，故这类被控股的子公司，仅仅是在名义上具有经营决策权；这些集团成员企业的经营决策权主要表现在他们作为集团董事会成员时，能对集团的决策产生影响。若集团内各成员企业是以互相持股为主，在集团决策的基础上，各成员企业的生产经营决策具有相对独立性。对于集团公司并未控股的关联公司，同样也具有独立的生产经营决策权。在这两种情况下，各成员企业还拥有对企业集团员为重要的决策权，即自由选择联合方式、联合对象，进入或退出集团的决策权。

     所谓多元性是指集团内部不同成员企业在享有决策权上的差异性。从目前我国经济改革现状和趋势来看，我国企业集团内部各成员企业的决策权差异很大。有些集团中的集团公司(核心企业)拥有国家赋予的国有资产营运的职责，它们行使出资人的职能。除对本公司经营活动有决策权外．还享有对其他企业资产营运的权利；而那些通过行政划转的企业集团的紧密层企业，有的成为集团公司的子公司或被控股公司，有的甚至成为集团公司的分公司或一个事业部。在这种情况下，这些企业就失去了原来作为一个独立企业而具有的独立的决策权。对于散松联合的企业成员，由于受集团公司参股的影响或者签订的经济契约的影响，决策的结果将有所变化，但作为决策的权利，在参加集团前后，并无明显变化。

     在具体决策机构设置上，股份制企业集团设立集团董事会，它是集团经营管理的最高决策机关。集团董事会的产生有两种办法。一是与集团公司(核心企业)的董事会合二为一，由集团公司股东大会选举产生。这个董事会既行使集团公司董事会的职权，又拥有对整个企业集团生产经营决策权；它负责选聘集团公司的经营班子，同时对集团成员企业安排相应的股权董事，来影响和控制这些成员企业董事会的经营决策和确定经理人选。集团公司的有关职能处室就是集团本部的职能部门，为集团决策行使参谋职能。本部自身可根据业务需要设置少量的与集团业务有关的协调部门。这种机构设置的优点是反映集团内企业间产权紧密联系的特征，机构设置不重复，便于操作，有利于统一指挥。二是集团决策机构与集团成员决策机构分设。集团董事会(或管委会)由各成员企业主要领导组成，并在协商的基础上，共同对集团的重大问题作出决策，实施对集团的战略管理。在这种情况下，企业集团往往还要有自己的一套职能机构，来承担集团内部的组织、协调等职能。这种机构设置如果是建立在集团成员企业间相互持股的基础上(如日本大型企业集团的“经理会”)，则作出的决策具有权威性和约束力；若集团成员企业间缺乏资金联系纽带，则这种权威性和约束力就很小，不利于集团的统一领导。